JabRef 最大的特點就是使用 BibTeX 格式的數據庫，所以它最適合 LaTeX 用戶使用；如果僅僅使用它的管理功能，也可以用于本地電子書的管理；對于使用 M$ Office 寫論文的用戶來說，EndNote 是最好的選擇，它能集成到 M$ Word 中，所以不推薦使用 JabRef。
JabRef 的文獻數據庫是純文本的 bib 文件，可以將該數據庫文件放在該主題文獻的目錄下。比如要建立一個 p2p 方向相關文獻的數據庫，只需建立一個 p2p 目錄，在 JabRef 中選擇 File->New Database，然后 Ctrl-s，將該數據庫起名 p2p.bib，保存在 p2p 目錄下。然后將 File->Database properties 中的 Database Encoding 設置為 UTF-8（這是因為論文的作者可能是法國人和我們會經常用中文寫些注釋，所以最好用國際化的字符集）， Directory 都設置成點號 .（表示當前目錄，這樣你就可以將整個目錄打個包，扔到另一臺 Linux/Win/Mac 機器上照常使用）。
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